2016年，科技部、财政部、国税总局联合印发《高新技术企业认定管理办法》（以下简称新办法），并于2016年起实施。新办法降低了高新技术企业认定指标，同时强化了事中事后的监管力度，相比原办法，新办法更具有合理性和实用性。同时，自2016年至2019年三年的运行来看，国家对于高新技术企业一直采用宽进模式，所以，2020年国家高新技术企业认定的要求有望进一步降低！各位企业经营者们要抓住这个机会！
新办法在人员和研发费用比例方面均做了调整，既考虑了大型企业的人员特点，又支持了中小企业的创新和发展。
（一）降低或取消科技人员和研发人员比例及学历限制。
在人员比例方面，放宽对科技人员和研发人员比例的要求。新办法由现行“科技人员占企业当年职工总数的30%以上”调整为“科技人员占企业当年职工总数的比例不低于10%”，同时取消了“大学专科以上学历”的限制和“研发人员占企业当年职工总数的10%以上”的规定。对于人数众多的大型国企这无疑是个利好。
在研发费用总额占销售收入比例方面，新办法将“三档”降为“两档”，以2亿元为界限，2亿以上比例不低于3%，2亿元以下（含2亿）比例不低于4%。取消5000万元和6%比例档次，意在支持中小企业的科技创新和发展。相比于原办法，新办法在申请资料及备案方面要求更加严谨；在认定程序方面更具有时效性；在监管方面更具有合理性。
新办法第六条取消“独占许可合同”字样，增加“近三个会计年度企业所得税年度纳税申报表”。同时要求企业历年的纳税申报记录与会计报表等提交资料应保证内在逻辑的一致性。为监管机构的后续管理奠定了基础。
新办法第十三条增加企业获得高新技术企业资格后，应每年4月底前在“高新技术企业认定管理工作网”填报上一年度知识产权、科技人员、研发费用、经营收入等年度发展情况报表。其要求与《国家税务总局关于实施高新技术企业所得税优惠有关问题的通知》（国税函【2009】203号文，以下简称203号文）第五条关于备案的内容要求上基本一致。因新办法由三部委联合发布，增加备案管理，在执行力度上将高于203号文，使高新技术企业备案管理具有更高的法律地位。
新办法（三）规定：认定企业由领导小组办公室在“高新技术企业认定管理工作网”公示10个工作日，无异议的，予以备案。相比于原办法，公示日由15个工作日减少到10个工作日，增加了高新技术企业认定的时效性。
新办法第十九条“取消高新技术资格的情形规定”中对“提供虚假信息”和“偷骗税行为”增加“严重”定语，避免了原办法对上述行为不区分情节严重，一刀切，处罚有失公平、公正原则。但如何界定“严重”，相信会在后续出台的配套工作指引中加以明确，否则监管机关在实操中会有很大的自由裁量权，容易产生争议。
特别需要强调的是，新办法第十九条增加“累计两年未填报年度发展情况报表的”将被取消高新技术企业资格，同时取消了“被取消资格的企业，认定机构在5年内不再受理该企业的认定申请”的规定。
新办法降低高新技术企业准入门槛的同时，加强了监管力度，对于企业而言，由于受研发项目、技术产品（服务）先进性、财税核算基础以及内部监管体系等诸多因素影响，可能导致高新技术企业资格认定被拒、补缴税款及取消资格的风险。
（一） 研发项目不合规导致资格认定无法通过的风险。目前，新办法配套的工作指引尚未出台，原高新技术认定办法的工作指引《国科发（2008）362号》（以下简称362号文）对研发活动、研发项目的确认以及其他指标如核心自主知识产权、科研人员、销售收入等有着明确严格的规定。
一般来说，新办法的工作指引变化不会太大。参照原办法的工作指引，如果企业申请资格认定时，研发活动不是国家重点支持的高新技术领域内，或者其他内容任何一项指标不达标，都有可能面临着高新资格认定未通过的风险。
企业对高新认定各项指标理解各异，指标计算容易出现偏差，导致各项指标不能准确反映高新技术企业的研发收入及费用比例状况。
如新办法第六条规定：近一年高新技术产品（服务）收入占企业同期总收入的比例不低于60%。根据国家税务总局关于发布《中华人民共和国企业所得税年度纳税申报表（A类，2014年版）》的公告、国家税务总局公告2014年第63号（以下简称63号公告）中的A107041《高新技术企业优惠情况及明细表》填报说明规定：企业同期总收入应为为税法第六条规定的收入总额。包括：销售货物收入，提供劳务收入，转让财产收入，股息、红利等权益性投资收益，利息收入，租金收入，特许权使用费收入，接受捐赠收入，其他收入。但部分企业认为总收入仅为主营业务收入和其他业务收入之和，直接导致的后果就是收入比例计算虚高，虽顺利通过了高新资格认定，未来也面临着严格的高新技术企业复核和稽查风险。
（三） 研发支出加计扣除依据不足存在补缴税款风险。财政部、国家税务总局《关于完善研究开发费用税前加计扣除政策的通知》（财税（2015）119号文，以下简称119号文）及国家税务总局《关于企业研究开发费用税前加计扣除政策有关问题的公告》（国家税务总局公告2015年第97号，以下简称97号公告）中明确规定了可加计扣除的研发费用。但仍有企业由于不熟悉政策，存在研发支出归集不合理，加计扣除依据不足的现象。如97号公告规定，企业从事研发活动的人员和用于研发活动的仪器、设备、无形资产，同时从事或用于非研发活动的，应对其人员活动及仪器设备、无形资产使用情况做必要记录，并将其实际发生的相关费用按实际工时占比等合理方法在研发费用和生产经营费用间分配，未分配的不得加计扣除。实践中企业自由调整空间较大，一旦被稽查机关认定共用仪器设备或无形资产分配方法不合理或扣除依据不足，则可能面临补缴税款及滞纳金的风险。
新办法规定企业获得高新技术企业资格后，应每年4月底前在“高新技术企业认定管理工作网”填报上一年度知识产权、科技人员、研发费用、经营收入等年度发展情况报表，同时规定累计两年未填报年度发展情况报表的将被取消高新技术企业资格，因此企业在取得高新技术企业资格之后，应于每年4月底及时在网上填报年度发展情况表，否则超过两年未填报就会被取消高新技术企业资格。
高新技术企业的税收优惠政策对企业的发展有着重要的促进作用。企业在享受税收优惠政策的同时，更应该防范由此可能带来的税务风险。
企业应认真做好研发支出归集的会计核算工作，设置研发支出辅助账，区分研发支出的费用化和资本化，结合研发活动逐一梳理已经立项的各研发项目相关支出，确保每一项研发支出归集的合规性，对核算短缺项目及时做好完善和添加。在掌握研发支出核算要领的同时建立和完善配套的研发支出会计核算体系。
（二） 建立健全高新技术企业认定指标审核内控制度。企业应积极开展全高新技术企业认定指标审核内控工作调研，跟踪评估相关的内控风险，及时掌握新办法带来新的机遇与挑战，设置专门的人员，合理安排相关工作，领会新政策要领并将其贯彻到研发活动中的各个业务细节中去。通过建立健全相关指标的内控制度，降低企业被监管机构取消高新技术企业资格的风险。
对已获得高新技术企业资格的企业，有关部门在日常管理过程中发现其不符合认定条件的，应提请认定机构复核，复核期间暂停企业享受税收优惠。且税务部门定期核查研发费用加计扣除备案情况，年度核查面不得低于20%。因此企业在享受高新技术企业税收优惠政策的同时，确保享受税收优惠政策的相关依据真实、充分、完整，避免因依据不足而带来补缴税款及滞纳金的风险。
在国家鼓励创新的大环境下，财政部、国家税务总局出台一系列文件支持高新技术企业的发展，除新办法外，2015年还相继出台了119号文、97号公告。政策更新出台较快，企业财务人员应避免由于对政策不熟悉，导致其在研发活动立项、研发费用支出归集、认定指标核算等方面出现错误，且企业应随时关注相关政策更新，并聘请专业人员对内部人员培训，提高相关人员素质。在国家营造大众创业、万众创新的政策环境和制度环境下，新办法适时出台，对促进创新设计、技术新型及IT网络信息等高新技术产业健康、有序的发展，加快国家经济转型及经济结构调整的步伐都有着重要的意义。高新技术企业应抓住机会，扩大经营规模，将企业做大做强，走出中国，走向世界。
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